Một là, đối với Giao dịch được đề nghị áp dụng APA (Điều 3)
Bổ sung điều kiện giao dịch được đề nghị áp dụng APA: Giao dịch thực tế đã phát sinh trong hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế và sẽ tiếp tục diễn ra trong giai đoạn đề nghị áp dụng APA; Giao dịch có cơ sở để xác định được bản chất giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế và có cơ sở để phân tích, so sánh, lựa chọn đối tượng so sánh độc lập theo quy định tại Điều 6 và Điều 7 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP, dựa trên các thông tin, dữ liệu tuân thủ quy định tại điểm b khoản 6 Điều 42 Luật Quản lý thuế.
Hai là, đối với Hồ sơ và thông tin, dữ liệu sử dụng (Điều 6)
Quy định về hồ sơ, thông tin, dữ liệu sử dụng được sửa đổi, bổ sung theo nguyên tắc thông tin hồ sơ phải được người nộp thuế cung cấp đầy đủ, đồng nhất để làm cơ sở cho việc giải quyết cũng như trao đổi, đàm phán APA giữa người nộp thuế và cơ quan thuế hoặc giữa các cơ quan thuế (đối với trường hợp APA song phương, đa phương). Đồng thời bổ sung quy định thông tin, dữ liệu, cơ sở dữ liệu được sử dụng phải đảm bảo tuân thủ quy định tại điểm b khoản 6 Điều 42 Luật Quản lý thuế và Điều 17 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP.
Ba là, đối với việc tham vấn trước khi nộp hồ sơ chính thức
Với mục tiêu giảm thiểu thủ tục hành chính cho người nộp thuế, hiện nay theo quy định tại khoản 3 Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP thì Tham vấn trước khi nộp hồ sơ chính thức không còn là bắt buộc. Vì vậy, Thông tư không còn quy định về việc tham vấn trước khi nộp hồ sơ chính thức.
Bốn là, đối với Thẩm định hồ sơ đề nghị áp dụng APA (Điều 7)
Thông tư không quy định về thời gian thẩm định hồ sơ đề nghị áp dụng APA của người nộp thuế nhưng bổ sung quy định trong quá trình thẩm định hồ sơ APA của người nộp thuế, Tổng cục Thuế có thể áp dụng các biện pháp quản lý thuế đối với người nộp thuế để xác minh tính đầy đủ, chính xác, hợp pháp, hợp lý, hợp lệ của các thông tin, tài liệu do người nộp thuế cung cấp.
Năm là, đối với Trao đổi, đàm phán nội dung APA (Điều 8)
Trước đây tại Điều 11 Thông tư số 201/2013/TT-BTC chưa có quy định rõ về nội dung trao đổi, đàm phán đối với APA song phương/đa phương. Do đó, Thông tư sửa đổi, bổ sung mục tiêu của việc trao đổi đàm phán APA nhằm thống nhất với người nộp thuế, cơ quan thuế đối tác về các nội dung dự kiến tại bản dự thảo APA cuối cùng theo quy định tại khoản 6 Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP để trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Ngoài ra, về việc xúc tiến thủ tục thỏa thuận song phương trong trường hợp APA song phương/đa phương trước đây, tại khoản 2 Điều 19 Thông tư số 201/2013/TT-BTC quy định nhà chức trách có thẩm quyền của Tổng cục Thuế thực hiện việc liên lạc, trao đổi với nhà chức trách có thẩm quyền của cơ quan thuế đối tác theo quy định tại điều khoản về thủ tục thỏa thuận song phương theo Hiệp định thuế có liên quan. Thông tư sửa đổi, bổ sung quy định về việc tiến hành Thủ tục thỏa thuận song phương: Trường hợp người nộp thuế đề nghị áp dụng APA song phương hoặc đa phương, người nộp thuế có trách nhiệm thông báo với bên liên kết thuộc phạm vi đề nghị áp dụng APA để đề nghị cơ quan thuế đối tác liên lạc và xúc tiến việc trao đổi, đàm phán với Tổng cục Thuế.
Sáu là, đối với Quyền, nghĩa vụ và trách nhiệm của người nộp thuế (Điều 9)
Trước đây khoản 5 Điều 17 Thông tư số 201/2013/TT-BTC quy định đối với trường hợp này, người nộp thuế có quyền đề nghị nhà chức trách có thẩm quyền của cơ quan thuế thực hiện thủ tục thỏa thuận song phương theo Hiệp định thuế để giải quyết bất lợi. Tuy nhiên, theo quy định tại khoản 1 Điều 12 Thông tư số 45/2021/TT-BTC thì “APA đã ký kết sẽ có hiệu lực thi hành bắt buộc với cơ quan thuế và người nộp thuế”. Vì vậy trường hợp APA đơn phương đã được ký kết nhưng trong quá trình thực hiện có phát sinh việc đánh thuế trùng hoặc cơ quan thuế đối tác có điều chỉnh dẫn đến bất lợi cho người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn phải thực hiện APA, trừ khi APA được sửa đổi hoặc hủy bỏ theo quy định. Trên cơ sở đó, khoản 1 Điều 9 Thông tư số 45/2021/TT-BTC đã sửa đổi quy định biện pháp giải quyết khi người nộp thuế thực hiện APA đơn phương có phát sinh việc đánh thuế trùng hoặc cơ quan thuế đối tác có sự điều chỉnh thu nhập chịu thuế dẫn đến bất lợi cho người nộp thuế theo hướng: Người nộp thuế có quyền đề nghị Tổng cục Thuế về việc sửa đổi hoặc hủy bỏ APA theo quy định tại khoản 9 và khoản 10 Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.
Ngoài ra, không quy định cụ thể việc điều chỉnh thu nhập chịu thuế cho trường hợp đã nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp cho những năm áp dụng APA trước khi APA được ký kết. Việc điều chỉnh thu nhập chịu thuế nay được thực hiện theo nguyên tắc chung để phù hợp với các quy định tại khoản 16 Điều 3 Luật Quản lý thuế và khoản 7 Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP liên quan đến hiệu lực của APA; Điều 8 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP về nguyên tắc điều chỉnh thu nhập chịu thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.
Bảy là, đối với quyền hạn và trách nhiệm của cơ quan thuế (Điều 10)
Tại khoản 16 Điều 3 Luật Quản lý thuế quy định “Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế được xác lập trước khi người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế”. Như vậy trường hợp giai đoạn đề nghị áp dụng APA đã kết thúc thì việc tiếp tục đàm phán APA giữa các bên là không phù hợp với mục tiêu của cơ chế này. Do đó, thông tư bổ sung quy định cơ quan thuế dừng đàm phán nếu các bên liên quan không thống nhất được nội dung APA khi giai đoạn được đề nghị áp dụng APA kết thúc
Sửa đổi, bổ sung trách nhiệm của Cục Thuế trong quá trình thẩm định, trao đổi, đàm phán APA và quản lý, kiểm tra, thanh tra việc thực hiện các APA đã được ký kết.
Tám là, đối với Bảo mật thông tin (Điều 11)
Qua thực tế tiếp nhận thông tin do người nộp thuế cung cấp cho cơ quan thuế, bên cạnh các thông tin thuộc phạm vi bảo mật theo quy định của pháp luật thì có thể bao gồm các thông tin đã được người nộp thuế công khai. Do đó Bộ Tài chính bổ sung quy định này nhằm làm rõ phạm vi, thẩm quyền trách nhiệm, của cơ quan thuế trong việc bảo mật, sử dụng thông tin do người nộp thuế cung cấp trong quá trình giải quyết, thực hiện APA cũng như trong quá trình quản lý thuế nói chung đối với người nộp thuế. Do vậy, thông tư bổ sung quy định đối với trường hợp các thông tin, dữ liệu do người nộp thuế cung cấp là các thông tin, dữ liệu đã được người nộp thuế công khai thì cơ quan thuế được tiếp tục sử dụng làm căn cứ xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế (khoản 2 Điều 11).
Chín là, đối với Thời gian có hiệu lực của APA (khoản 2 Điều 12)
Thông tư sửa đổi thời gian có hiệu lực của APA tối đa là 03 năm tính thuế nhưng không vượt quá số năm thực tế người nộp thuế đã hoạt động sản xuất kinh doanh và kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tại Việt Nam.
Mười là, đối với Quy định chuyển tiếp (khoản 2 Điều 13)
Thông tư quy định chuyển tiếp đối với đề nghị áp dụng APA nộp trước ngày 03/8/2021 của Thông tư số 45/2021/TT-BTC có hiệu lực nhưng chưa được ký kết và giai đoạn đề nghị áp dụng APA chưa kết thúc tính đến thời điểm Thông tư có hiệu lực thì được tiếp tục giải quyết theo quy định tại Luật Quản lý thuế, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP và Thông tư này.
Thông tư số 45/2021/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 03/8/2021, thay thế Thông tư số 201/2013/TT-BTC ngày 20/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc áp dụng Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) trong quản lý thuế.
Theo Tổng cục Thuế