Theo đó, ban hành cụ thể Danh mục thuốc BVTV được phép sử dụng tại Việt Nam quy định tại Phụ lục I bao gồm:
- Thuốc sử dụng trong nông nghiệp.
- Thuốc trừ mối.
- Thuốc bảo quản lâm sản.
- Thuốc khử trùng kho.
- Thuốc sử dụng cho sân golf.
- Thuốc xử lý hạt giống.
Ban hành Danh mục thuốc BVTV cấm sử dụng tại Việt Nam quy định tại Phụ lục II gồm: Thuốc trừ sâu, thuốc bảo quản lâm sản; Thuốc trừ bệnh; Thuốc trừ chuột; Thuốc trừ cỏ.
Ngoài ra, Thông tư còn ban hành Bảng chi tiết mã HS thuốc BVTV được phép sử dụng tại Việt Nam quy định tại Phụ lục III.
Thông tư 03/2016/TT-BNNPTNT có hiệu lực từ ngày 06/6/2016, đồng thời thay thế Thông tư 03/2015/TT-BNNPTNT và Thông tư 34/2015/TT-BNNPTNT .