Ngoài ra, Thông tư liên tịch này còn quy định nhiều nội dung quan trọng khác. Như là quy định về:
- Hội đồng khám sức khỏe nghĩa vụ quân sự: Thành phần, nguyên tắc làm việc, nhiệm vụ của Hội đồng, nhiệm vụ của thành viên.
- Nội dung khám sức khỏe: Khám về thể lực, khám lâm sàng các chuyên khoa, xét nghiệm cận lâm sàng.
- Quy trình khám sức khỏe: Lập danh sách, thông báo thời gian, địa điểm, tổ chức khám sức khỏe, hoàn chỉnh phiếu khám sức khỏe, tổng hợp, báo cáo kết quả khám sức khỏe.
- Tổ chức các phòng khám sức khỏe: Nguyên tắc tổ chức, số lượng phòng khám, trang thiết bị, dụng cụ y tế tối thiểu…
Thông tư liên tịch 16/2016/TTLT-BYT-BQP có hiệu lực từ ngày 15/8/2016 và bãi bỏ Thông tư liên tịch 36/2011/TTLT-BYT-BQP ngày 17/10/2011.