Theo đó, Bộ và cơ quan ngang Bộ hoạt động theo cơ cấu sau: Vụ, văn phòng, thanh tra, cục (nếu có), tổng cục (nếu có) và đơn vị sự nghiệp công lập.
Các đơn vị được xác định là đơn vị sự nghiệp công lập nêu trên gồm có:
- Các đơn vị nghiên cứu chiến lược, chính sách về ngành, lĩnh vực;
- Báo, tạp chí; Trung tâm Thông tin;
- Trường hoặc Trung tâm đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức; Học viện thuộc Bộ.
Ngoài ra, Nghị định đề cập tới quy định số lượng cấp phó của người đứng đầu văn phòng, thanh tra, vụ, cục, đơn vị sự nghiệp công lập là không quá 03 người và không quá 04 người đối với tổng cục.
Nghị định 123/2016/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 15/10/2016 và thay thế cho Nghị định 36/2012/NĐ-CP .