- Giữ nguyên mức thu phí bay qua vùng trời Việt Nam áp dụng với chuyến bay thường lệ, không thường lệ và chuyến bay chuyên cơ kết hợp vận chuyển thương mại.
- Định kỳ ngày cuối tháng, Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam nộp số tiền phí thu được trong tháng vào tài khoản Ngân sách trung ương (thay vì trong vòng 20 ngày đầu tháng tiếp theo như quy định hiện hành).
Số tiền phí chênh lệch giữa số quyết toán phí hàng tháng và số tiền phí đã nộp vào ngày cuối tháng sẽ được nộp vào Ngân sách trung ương theo quy định.
- Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam thực hiện quyết toán phí bay qua vùng trời theo quy định tại Điều 3 Nghị định 120/2016/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và Lệ phí.
Thông tư 146/2016/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/01/2017 và áp dụng từ năm tài chính 2017.