Nguyên tắc tính phí không đổi, tuy nhiên mức phí giới hạn tối thiểu đã tăng lên so với trước đây, cụ thể:
- Các hợp đồng chuyển giao công nghệ đăng ký lần đầu thì phí thẩm định hợp đồng chuyển giao công nghệ từ 05 - 10 triệu đồng (hiện hành là từ 03 - 10 triệu đồng).
- Các hợp đồng chuyển giao công nghệ đề nghị đăng ký sửa đổi, bổ sung thì phí thẩm định hợp đồng chuyển giao công nghệ từ 03 - 05 triệu đồng (hiện hành là từ 02 - 05 triệu đồng).
Chậm nhất là ngày 5 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.
Thông tư 169/2016/TT-BTC có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2017 và thay thế Thông tư 200/2009/TT-BTC ngày 15/10/2009.