Theo đó, mức thu phí thẩm định phê duyệt phải nộp đối với một dự án được xác định theo hướng dẫn tại Khoản 1 và 2 Điều 5 của Thông tư này; mức phí từ 0.5 - 150 triệu đồng/dự án.
Như vậy, so với quy định hiện hành tại Thông tư 150/2014/TT-BTC thì mức phí tối đa được giữ nguyên (150 triệu đồng/dự án) và giảm mức phí tối thiểu (từ 2 triệu đồng/dự án xuống còn 0.5 triệu đồng/dự án).
Đồng thời, Thông tư này còn đề cập rõ đến quy định chuyển tiếp đối với các dự án nộp hồ sơ đề nghị thẩm duyệt trước ngày 01/01/2017 nhưng sau ngày 01/01/2017 mới được cấp văn bản thẩm duyệt (xem chi tiết tại Điều 8).
Thông tư 258/2016/TT-BTC bắt đầu có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2017 và thay thế cho Thông tư 150.