Theo đó, mối quan hệ công tác của Cục Thi hành án Bộ Quốc Phòng với một số cơ quan như sau:
- Phục tùng, chịu sự lãnh đạo của Quân ủy TW, Bộ trưởng Bộ Quốc Phòng, Tổng tham mưu trưởng QĐNDVN, Đảng ủy Bộ Tổng tham mưu – Bộ Quốc Phòng.
- Chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về chuyên môn của các cơ quan chức năng Bộ Quốc Phòng, Bộ Tư pháp.
- Phối hợp, hiệp đồng với Tổng cục thi hành án dân sự, cơ quan chức năng Bộ Tư pháp; Đảng ủy, Tư lệnh quân khu và tương đương.
- Quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn đối với Phòng Thi hành án cấp quân khu.
Ngoài ra, văn bản cũng quy định mối liên hệ công tác của Phòng Thi hành án cấp quân khu với các cơ quan khác.
Thông tư 50/2017/TT-BQP có hiệu lực ngày 25/04/2017.