Theo đó, việc quản lý, sử dụng phí, lệ phí của các Cảng vụ hàng hải được thực hiện như sau:
- Các Cảng vụ hàng hải có trách nhiệm nộp 100% tổng số tiền lệ phí ra, vào cảng biển thu được vào ngân sách trung ương theo chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước.
- Các Cảng vụ hàng hải được để lại 57% tiền phí thu được để trang trải chi phí theo quy định, trong đó bao gồm chi đặc thù của Cục Hàng hải Việt Nam theo quyết định của Thủ tướng.
- Số tiền phí thu được còn lại nộp vào ngân sách trung ương theo chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước.
(Trước đây, không phân biệt phí, lệ phí, Cảng vụ hàng hải được giữ lại 50% số tiền thu được)
Các Cảng vụ hàng hải thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí thu được theo tháng, quyết toán năm theo quy định tại khoản 3 Điều 19 và khoản 2 Điều 26 Thông tư 156/2013/TT-BTC .
Thông tư 17/2017/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 18/4/2017.