Việc xử lý số tiền thuế GTGT nêu trên được thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c khoản 2 Điều 131 Thông tư 194/2010/TT-BTC.
Theo đó số tiền nộp thừa này sẽ không hoàn trả lại cho người nộp thuế mà sẽ được điều chỉnh sang khoản thuế khác.
Nội dung trên được Tổng cục Hải quan hướng dẫn tại Công văn 5678/TCHQ-TXNK về vướng mắc về thủ tục hải quan và bù trừ, hoàn thuế.
Hướng dẫn này có hiệu lực thi hành từ 16/10/2012.