Theo đó, thứ tự bù trừ số tiền thuế người nộp thuế được hoàn với các khoản thuế người nộp thuế đang còn nợ cơ quan hải quan như sau:
- Tiền thuế, tiền chậm nộp quá hạn thuộc đối tượng áp dụng biện pháp cưỡng chế (nợ quá hạn 90 ngày)
- Tiền thuế, tiền chậm nộp quá hạn chưa thuộc đối tượng áp dụng biện pháp cưỡng chế (nợ quá hạn chưa quá 90 ngày)
Không thực hiện bù trừ đối với khoản nợ thuế mà người nộp thuế phải nộp thuế ngay để tránh trường hợp bù trừ nhầm với tờ khai chưa làm thủ tục HQ nhưng chưa bị hủy, tờ khai DN đã làm thủ tục nhưng chưa được thông quan hay giải phóng hàng do chưa nộp thuế.
Công văn được áp dụng từ ngày 18/03/2014.