Cụ thể, Nghị định 359/2025/NĐ-CP bãi bỏ khoản 3 Điều 37 và khoản 3 Điều 39 Nghị định 181/2025/NĐ-CP . Trong đó, khoản 3 Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng với cơ sở kinh doanh về việc người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế được xác định như sau:
- Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán đã nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo quy định và không còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.
- Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định.
- Trường hợp xác định người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh (bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế) hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng.
Xem thêm tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026.
Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng đã nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và đã được cơ quan quản lý thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng cơ quan quản lý thuế chưa ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước thì không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.