Theo đó, Trung tâm y tế huyện sẽ bao gồm 15 khoa chuyên môn như sau:
- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS; Khoa Y tế công cộng và Dinh dưỡng; Khoa An toàn thực phẩm; Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản; Khoa Khám bệnh/Phòng khám đa khoa;
- Khoa Hồi sức cấp cứu; Khoa Nội tổng hợp; Khoa Ngoại tổng hợp; Khoa Nhi; Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng; Khoa Liên chuyên khoa (Răng Hàm Mặt - Mắt - Tai Mũi Họng);
- Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế; Khoa Truyền nhiễm; Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn; Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh.
Ngoài ra, Trung tâm còn có các Phòng chức năng: Phòng Tổ chức - Hành chính; Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ; Phòng Tài chính - Kế toán; Phòng Điều dưỡng.
Thông tư 37/2016/TT-BYT có hiệu lực từ ngày 10/12/2016 và bãi bỏ Quyết định 26/2005/QĐ-BYT .