- Giữ nguyên mức thu phí thẩm định dự án ĐTXD như tại Thông tư 176/2011/TT-BTC .
- Thu phí thẩm định TKCS bằng 50% mức phí thẩm định dự án ĐTXD đối với dự án sử dụng vốn nhà nước ngoài ngân sách, dự án PPP và dự án sử dụng vốn khác.
- Tổ chức thu phí nộp toàn bộ tiền thu được vào NSNN.
Riêng trường hợp tổ chức thu phí được khoán chi phí hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm thì nộp theo quy định sau:
+ Dự án sử dụng ngân sách nhà nước: cơ quan có thẩm quyền thu phí thẩm định dự án ĐTXD để lại 90% số tiền thu được và 10% nộp vào NSNN.
+ Dự án sử dụng vốn nhà nước ngoài ngân sách, dự án PPP và dự án sử dụng vốn khác: cơ quan có thẩm quyền thu phí thẩm định TKCS để lại 50% số tiền thu được và 50% nộp vào NSNN.
Thông tư 209/2016/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/01/2017.