Theo đó, hệ thống trường phổ thông dân tộc nội trú (PTDTNT) bao gồm:
- Trường PTDTNT trung học cơ sở;
- Trường PTDTNT trung học phổ thông;
- Trường PTDTNT trung học cơ sở và trung học phổ thông
Hiện hành tại Thông tư 01/2016/TT-BGDĐT phân chia hệ thống trường theo đơn vị hành chính như trường PTDTNT cấp huyện đào tạo cấp trung học cơ sở, trường PTDTNT cấp tỉnh đào tạo cấp trung học phổ thông.
Đối với việc phân cấp quản lý hệ thống trường:
- Trường PTDTNT trung học cơ sở sẽ do Chủ tịch UBND cấp tỉnh quyết định thành lập, UBND cấp huyện quản lý.
- Trường PTDTNT có cấp học cao nhất là trung học phổ thông do Chủ tịch UBND cấp tỉnh quyết định thành lập và Sở Giáo dục và Đào tạo quản lý.
Thông tư 04/2023/TT-BGDĐT có hiệu lực từ ngày 10/4/2023 và thay thế Thông tư 01/2016/TT-BGDĐT ngày 15/01/2016.