Theo đó, kinh phí tổ chức kỳ thi THPT quốc gia 2016 được đảm bảo từ các nguồn sau:
- Nguồn ngân sách Trung ương hỗ trợ 125.000 đồng/thí sinh.
- Ngân sách Trung ương hỗ trợ tiền công tác phí cho các cán bộ, giảng viên, học viên về các tỉnh để tổ chức thi tại các cụm thi đại học theo điều động của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
- Nguồn thu từ phí dự thi, dự tuyển 35.000 đồng/môn được chuyển về các cụm thi đại học để tổ chức kỳ thi.
- Nguồn ngân sách địa phương chi trả cho các học sinh dự thi chỉ để xét công nhận tốt nghiệp THPT nhưng tham gia dự thi tại cụm thi đại học (Mức kinh phí ngân sách địa phương chi trả 60.000 đồng/môn thi/thí sinh).
Ngoài ra, Công văn 2427/BGDĐT-KHTC còn quy định cụ thể về nội dung và định mức chi cho công tác tổ chức kỳ thi, một số nội dung chi khác…