Theo đó, Chính phủ thống nhất đẩy mạnh chủ trương tự chủ đại học cả về chuyên môn lẫn tổ chức và tài chính, giảm mạnh sự can thiệp của các cơ quan chủ quản tiến tới xóa bỏ chế độ chủ quản.
Trước mắt, đẩy mạnh thực hiện thí điểm các trường đại học tự chủ; đổi mới cơ chế quản trị của các trường tự chủ từ chế độ thủ trưởng (hiệu trưởng) sang chế độ tập thể lãnh đạo (hội đồng trường).
Giao Bộ GD&ĐT và Bộ LĐTB&XH rà soát ban hành các văn bản liên quan về thẩm quyền, trách nhiệm của hội đồng trường và cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục.
Ngoài ra, Chính phủ còn giao Bộ GD&ĐT thực hiện thí điểm mô hình cơ sở giáo dục đại học tự chủ được thu hút người Việt Nam ở nước ngoài có trình độ cao về tham gia giảng dạy, nghiên cứu khoa học.
Nghị quyết 89/NQ-CP được ban hành vào ngày 10/10/2016.