Hướng dẫn Báo cáo quyết toán Hải quan theo Thông tư 121/2025/TT-BTC

Hướng dẫn Báo cáo quyết toán Hải quan theo Thông tư 121/2025/TT-BTC (Hình từ Internet)

Hướng dẫn Báo cáo quyết toán Hải quan theo Thông tư 121/2025/TT-BTC

Cục Hải quan có Công văn 8444/CHQ-GSQL năm 2026 hướng dẫn thủ tục hải quan. Theo đó hướng dẫn  báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu như sau:

(1) Doanh nghiệp làm thủ tục Hải quan tại các Đội Hải quan trên cùng 1 địa bàn. Vậy khi nộp báo cáo quyết toán (BCQT) thì nộp tại Đội Hải quan hay nộp tại Chi cục Hải quan khu vực?

>> Đối với BCQT năm 2025, doanh nghiệp nộp tại đơn vị hải quan đang quản lý doanh nghiệp. Đối với BCQT các năm tiếp theo, đơn vị tiếp nhận/kiểm tra BCQT do Chi cục Hải quan khu vực phân công.

(2) Về hiệu lực của Thông tư 121/2025/TT-BTC với báo cáo quyết toán năm 2025. Để đảm bảo sự thống nhất trong thực hiện, tránh phát sinh tình trạng cùng một báo cáo quyết toán năm 2025 nhưng có thể bị áp dụng hai chế độ khác nhau (nộp trước ngày 01/2/2026 thì theo Thông tư 121/2025/TT-BTC), Công ty kính đề nghị Cục hải quan:

- Làm rõ hiệu lực thi hành của Thông tư 121/2025/TT-BTC đối với báo cáo quyết toán nguyên vật liệu, thành phẩm, định mức thực tế sản xuất năm 2025.

- Xem xét bổ sung quy định chuyển tiếp hoặc hướng dẫn cụ thể để doanh nghiệp có căn cứ thống nhất áp dụng.

>> Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 1/2/2026. Do vậy:

- Trường hợp năm tài chính của doanh nghiệp (Ví dụ: ngày 31/12 hàng năm) kết thúc trước thời điểm có hiệu lực của Thông tư 121/2025/TT-BTC thì thực hiện Báo cáo quyết toán năm 2025 theo Thông tư 38/2015/TT-BTC sửa đổi bổ sung tại Thông tư 39/2018/TTBTC;

- Trường hợp năm tài chính của doanh nghiệp (Ví dụ: 31/3 hàng năm) kết thúc sau ngày có hiệu lực của Thông tư 121/2025/TT-BTC thì Báo cáo quyết toán theo Thông tư 121/2025/TTBTC.

Báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu

Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi Điều 60 Thông tư số 38/2015/TT-BTC (Thông tư) quy định việc báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu như sau:

Nguyên tắc báo cáo quyết toán

(1) Tổ chức, cá nhân được lựa chọn báo cáo quyết toán theo các phương thức sau:

(i) Cung cấp thông tin liên quan đến hoạt động nhập kho nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, xuất kho nguyên liệu, vật tư; nhập kho thành phẩm, xuất kho thành phẩm và các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 30 Phụ lục II  từ Hệ thống quản trị sản xuất đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan;

(ii) Báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu định kỳ theo năm tài chính cho cơ quan hải quan;

(2) Địa điểm tiếp nhận báo cáo quyết toán:

(i) Chi cục Hải quan khu vực nơi đã thông báo cơ sở sản xuất;

(ii) Trường hợp tổ chức, cá nhân có nhiều CSSX thuộc sự quản lý của nhiều Chi cục Hải quan khu vực thì lựa chọn một Chi cục Hải quan khu vực để báo cáo quyết toán.

Căn cứ tình hình thực tế tại đơn vị, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực phân công đơn vị Hải quan thực hiện tiếp nhận, kiểm tra báo cáo quyết toán.

Trường hợp lựa chọn báo cáo quyết toán theo điểm (i) khoản (1)

(1) Tổ chức, cá nhân có trách nhiệm cung cấp thông tin ngay sau khi phát sinh nghiệp vụ liên quan theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 30 Phụ lục II .

Trước khi trao đổi thông tin lần đầu với Hệ thống của cơ quan hải quan, tổ chức, cá nhân thực hiện chốt tồn đầu kỳ nguyên liệu, vật tư, sản phẩm với Chi cục Hải quan khu vực đã lựa chọn để báo cáo quyết toán;

(2) Cơ quan hải quan có trách nhiệm công bố chuẩn dữ liệu để thực hiện việc trao đổi thông tin giữa Hệ thống của tổ chức, cá nhân với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của hải quan.

Trên cơ sở thông tin cung cấp, cơ quan hải quan thực hiện phân tích, đánh giá sự phù hợp giữa các dữ liệu do tổ chức, cá nhân gửi qua Hệ thống với dữ liệu trên Hệ thống của cơ quan hải quan. Trường hợp xác định phải kiểm tra theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 59 Thông tư  thì thực hiện việc kiểm tra tình hình sử dụng, tồn kho nguyên liệu, vật tư, máy móc thiết bị và hàng hóa xuất khẩu theo quy định kiểm tra báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu dưới đây

Trường hợp lựa chọn báo cáo quyết toán theo điểm (ii) khoản (1)

Tổ chức, cá nhân nộp báo cáo quyết toán chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính hoặc trước khi thực hiện việc hợp nhất, sáp nhập, chia tách, giải thể, chuyển nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư cho Chi cục Hải quan khu vực theo quy định.

(1) Nguyên tắc lập sổ chi tiết kế toán và báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu:

Tổ chức, cá nhân có hoạt động gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu có trách nhiệm quản lý và theo dõi nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, sản phẩm xuất khẩu từ khi nhập khẩu, trong quá trình sản xuất ra sản phẩm cho đến khi sản phẩm được xuất khẩu hoặc thay đổi mục đích sử dụng, xử lý phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị, sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công tiết kiệm được trong quá trình sản xuất theo quy định pháp luật trên Hệ thống sổ kế toán theo các quy định về chế độ kế toán của Bộ Tài chính và theo nguồn nhập kho (nhập khẩu hoặc mua trong nước). Nguyên liệu, vật tư có nguồn gốc nhập khẩu được theo dõi chi tiết theo từng loại hình trong kỳ (nhập gia công, nhập sản xuất xuất khẩu, nhập kinh doanh, nhập lại nguyên vật liệu sau sản xuất...) đã khai trên tờ khai hải quan và chứng từ nhập kho trong kỳ.

Tổ chức, cá nhân có trách nhiệm lập và lưu trữ sổ chi tiết đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo chứng từ hàng hóa nhập khẩu; lập và lưu trữ sổ chi tiết sản phẩm xuất kho để xuất khẩu theo hợp đồng, đơn hàng. Trường hợp tổ chức, cá nhân sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu không tách biệt được nguồn theo nguyên tắc này thì kiểm tra, xác định số lượng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu (bao gồm phế liệu, phế phẩm, phế thải được hình thành trong quá trình sản xuất, gia công) sử dụng đúng mục đích theo nguyên tắc tỷ lệ số lượng sản phẩm đầu ra được xuất khẩu đúng loại hình.

Tổ chức, cá nhân lập báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu theo hình thức nhập - xuất - tồn kho nguyên liệu, kho thành phẩm theo từng mã nguyên liệu, vật tư, mã sản phẩm đang theo dõi trong quản trị sản xuất và đã khai trên tờ khai hải quan khi nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, xuất khẩu sản phẩm.

Trường hợp quản trị sản xuất của tổ chức, cá nhân có sử dụng mã nguyên liệu, vật tư, mã sản phẩm khác với mã đã khai báo trên tờ khai hải quan khi nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, xuất khẩu sản phẩm, tổ chức, cá nhân phải xây dựng, lưu giữ bảng quy đổi tương đương giữa các mã này và xuất trình khi cơ quan hải quan kiểm tra hoặc có yêu cầu giải trình;

(2) Tổ chức, cá nhân lập và nộp báo cáo quyết toán về: Tình hình xuất - nhập - tồn kho nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu; Tình hình nhập - xuất - tồn kho thành phẩm được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu; Định mức thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu (bao gồm cả nhập khẩu của DNCX) theo các chỉ tiêu thông tin tương ứng quy định tại mẫu số 25, 26 và 27 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư qua Hệ thống. Trường hợp Hệ thống gặp sự cố thì nộp bản giấy theo các mẫu tương ứng số 15/BCQT-NVL/GSQL, 15a/BCQTSP-GSQL và 16/ĐMTT-GSQL Phụ lục V ;

(3) Sửa đổi, bổ sung báo cáo quyết toán:

Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày nộp báo cáo quyết toán nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan ban hành quyết định kiểm tra báo cáo quyết toán, kiểm tra sau thông quan, tổ chức, cá nhân phát hiện sai sót trong việc lập báo cáo quyết toán thì được sửa đổi, bổ sung báo cáo quyết toán và nộp lại cho cơ quan hải quan. Hết thời hạn 60 ngày kể từ ngày nộp báo cáo quyết toán hoặc sau khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra báo cáo quyết toán, kiểm tra sau thông quan, tổ chức, cá nhân mới phát hiện sai sót trong việc lập báo cáo quyết toán thì thực hiện việc sửa đổi, bổ sung báo cáo quyết toán với cơ quan hải quan và bị xử lý theo quy định pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính.

Kiểm tra báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu

(1) Các trường hợp kiểm tra báo cáo quyết toán: Cơ quan hải quan kiểm tra báo cáo quyết toán trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro, đánh giá quá trình tuân thủ pháp luật của tổ chức, cá nhân;

(2) Thẩm quyền kiểm tra: Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực ban hành quyết định kiểm tra theo mẫu số 17/QĐ-KTBCQT/GSQL Phụ lục V  và giao Trưởng đơn vị Hải quan tổ chức thực hiện việc kiểm tra. Trường hợp kiểm tra báo cáo quyết toán trùng với kế hoạch kiểm tra sau thông quan thì thực hiện kiểm tra sau thông quan theo kế hoạch;

(3) Nội dung kiểm tra: Kiểm tra hồ sơ hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, hồ sơ hải quan xuất khẩu sản phẩm, chứng từ kế toán, sổ kế toán, chứng từ theo dõi nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập kho, xuất kho và các chứng từ khác phát sinh trong kỳ báo cáo người khai hải quan phải lưu theo quy định tại Điều 16a Thông tư. Trường hợp kiểm tra các nội dung quy định trên mà cơ quan hải quan phát hiện có dấu hiệu vi phạm nhưng chưa đủ cơ sở để kết luận thì thực hiện kiểm tra tình hình sử dụng, quản lý nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu từ khi nhập khẩu, trong quá trình sản xuất ra sản phẩm cho đến khi sản phẩm được xuất khẩu hoặc thay đổi mục đích sử dụng, xử lý phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị, sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công tiết kiệm được trong quá trình sản xuất theo quy định pháp luật;

(4) Thời gian, trình tự, thủ tục và xử lý kết quả kiểm tra thực hiện theo thẩm quyền, trình tự, thủ tục kiểm tra tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị tại trụ sở người khai hải quan quy định tại khoản 2, khoản 3, khoản 4 và khoản 5 Điều 59 Thông tư. Riêng Biên bản kiểm tra báo cáo quyết toán và kết luận kiểm tra báo cáo quyết toán thực hiện theo mẫu số 17a/BBKT-BCQT/GSQL và mẫu số 17b/KLKT-BCQT/GSQL Phụ lục V.

Xử lý quá hạn nộp báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và hàng hóa xuất khẩu

(1) Khi hết hạn nộp báo cáo quyết toán, Chi cục Hải quan khu vực thực hiện các công việc sau:

(ii) Có văn bản mời tổ chức, cá nhân đến cơ quan hải quan lập biên bản vi phạm để xử lý theo quy định;

(ii) Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày gửi văn bản, tổ chức, cá nhân không đến làm việc thì cơ quan hải quan thực hiện điều tra xác minh tại địa chỉ đăng ký kinh doanh;

(iii) Thực hiện kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa đối với các lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu tiếp theo của tổ chức, cá nhân;

(iv) Phối hợp với cơ quan chức năng để điều tra, xác minh, truy tìm đối với tổ chức, cá nhân có dấu hiệu bỏ trốn khỏi địa chỉ đăng ký kinh doanh.

(2) Biện pháp xử lý sau khi đã thực hiện đôn đốc, điều tra, xác minh, truy tìm:

(i) Đối với tổ chức, cá nhân không báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhưng vẫn còn hoạt động, cơ quan hải quan lập biên bản vi phạm để xử lý theo quy định và chuyển thông tin để thực hiện kiểm tra sau thông quan;

(ii) Đối với tổ chức, cá nhân bỏ trốn, mất tích mà cơ quan hải quan không có định mức thực tế để xác định số tiền thuế thì sử dụng định mức thực tế đối với hàng hóa tương tự của tổ chức, cá nhân khác. Sau khi xác định được số tiền thuế thì hoàn thiện hồ sơ và chuyển toàn bộ hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền điều tra về tội buôn lậu, trốn thuế theo quy định của Bộ luật hình sự.