Theo đó, bổ sung nhiều nội dung mới, như là:
- Thêm trường hợp xử phạt 10% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu thuế cao hơn so với quy định của pháp luật về thuế.
- Thẩm quyền xử phạt của Bộ đội Biên phòng.
- Thẩm quyền xử phạt của Cảnh sát biển.
- Xử phạt vi phạm về quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại cảng, kho, bãi.
Đồng thời, sửa đổi nhiều quy định khác của Nghị định 127 như:
- Hình thức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả.
- Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
- Thủ tục xử phạt, thi hành quyết định xử phạt.
- Bãi bỏ Điều 23 của Nghị định 127.
Nghị định 45/2016/NĐ-CP có hiệu lực kể từ ngày 01/8/2016.