Công văn 17615: Hướng dẫn mới về thủ tục hải quan cho doanh nghiệp ưu tiên

Công văn 17615: Hướng dẫn mới về thủ tục hải quan cho doanh nghiệp ưu tiên (Hình từ Internet)

Ngày 05/8/2025, Cục Hải quan đã ban hành Công Văn 17615/CHQ-NVTHQ về hướng dẫn thủ tục hải quan.

Công Văn 17615/CHQ-NVTHQ về hướng dẫn thủ tục hải quan

Công văn 17615: Hướng dẫn mới về thủ tục hải quan cho doanh nghiệp ưu tiên

Theo đó, tại Công Văn 17615/CHQ-NVTHQ năm 2025 thì Cục Hải quan đã hướng dẫn về  thủ tục hải quan áp dụng đối với doanh nghiệp ưu tiên như sau:

(1) Về thủ tục hải quan

Căn cứ khoản 1 Điều 43 Luật Hải quan 2014 quy định chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp

“Miễn kiểm tra chứng từ liên quan thuộc hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá sự tuân thủ pháp luật".

Căn cứ Điều 5 Thông tư 72/2015/TT-BTC (sửa đổi Thông tư 07/2019/TT-BTC) quy đinh:

“1. Miễn kiểm tra chứng từ liên quan thuộc hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giả sự tuân thủ pháp luật. Tổng cục trường Tổng cục Hải quan quyết định việc kiểm tra ngẫu nhiên quy định tại Điều này.

2. Việc kiểm tra thực tế hàng hóa.

a. Đối với doanh nghiệp chế xuất, việc kiểm tra thực tế hàng hỏa xuất khẩu, nhập khẩu được thực hiện khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan.

b. Đối với doanh nghiệp khác, tỷ lệ kiểm tra ngẫu nhiên không quá 0,5% trên tổng số tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp.”

Căn cứ quy định nêu trên thì doanh nghiệp ưu tiên được miễn kiểm tra chứng từ liên quan thuộc hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá sự tuân thủ pháp luật.

(2) Về chính sách thuế

Căn cứ điểm c khoản 1 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 quy định: 

“c) Người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu nhưng hàng hóa nhập khẩu phải tải xuất được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu".

Căn cứ khoản 2, khoản 3 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 quy định:

"2. Hàng hóa quy định tại các điểm a, b và c khoản 1 Điều này được hoàn thuế khi chưa qua sử dụng, gia công, chế biến.

3. Thủ tục hoàn thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế"

Căn cứ Điều 73 Luật quản lý thuế 2019, Điều 22 Nghị định 126/2020/NĐ-CP về phân loại hồ sơ hoàn thuế.

Căn cứ Điều 77 Luật quản lý thuế 2019 quy định về thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế.

"1. Cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra đổi với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế".

Căn cứ khoản 1 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, khoản 17 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP của Chính phủ quy định:

"1. Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng phải tái xuất được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu, gồm:

a) Hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tải xuất ra nước ngoài bao gồm xuất khẩu trả lại chủ hàng, xuất khẩu hàng hóa đã nhập khẩu ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan để sử dụng trong khu phi thuế quan.

Việc tải xuất hàng hóa phải được thực hiện bởi người nhập khẩu ban đầu hoặc người được người nhập khẩu ban đầu ủy quyền, ủy thác xuất khẩu,

Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai chính xác, trung thực trên tờ khai hải quan về hàng hóa tái xuất là hàng hóa nhập khẩu trước đây, các thông tin về số, ngày hợp đồng, tên đối tác mua hàng hóa.”

Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra nội dung khai bảo của người nộp thuế, ghi rõ kết quả kiểm tra để phục vụ cho việc giải quyết hoàn thuế".

Căn cứ Điều 12 Thông tư 06/2021/TT-BTC quy định về trình tự, thủ tục hoàn thuế.

Căn cứ điểm a. 1 khoản 2 Điều 21 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi khoản 10 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC) quy định về trách nhiệm của người khai hải quan trong việc khai thay đổi mục đích sử dụng:

“a. 1) Tờ khai hải quan theo quy định tại Điều 16 Thông tư này và ghi rõ số tờ khai hải quan ban đầu, hình thức thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyến tiêu thụ nội địa vào ô "Phần ghi chú" của tờ khai hải quan điện từ hoặc ở “Ghi chép khác" trên tờ khai hải quan giấy.”

Căn cứ quy định nêu trên, thì:

- Trường hợp Công ty nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất, kinh doanh (mã loại hình A12), đã nộp thuế nhập khẩu sau đó Công ty tài xuất hàng hóa đã nhập khẩu ra nước ngoài, nếu hàng hóa tài xuất được xác định là hàng hóa đã nhập khẩu trước đây, đáp ứng điều kiện quy định tại điểm c khoản 1, khoản 2 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung tại khoản 17 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP) thì được áp dụng chính sách thuế quy định tại điểm c khoản 1 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.

- Trường hợp Công ty nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất xuất khẩu (theo mã loại hình E31) hoặc để sản xuất, gia công (theo mã loại hình E11, E15), đã thực hiện đăng ký tờ khai thay đổi mục đích sử dụng (mà loại hình A42), nộp thuế nhập khẩu và các loại thuế khác (nếu có), nhưng sau đó công ty tiếp tục xuất khẩu hàng hóa ra nước ngoài (theo mã loại hình B13), giao Chỉ cục Hải quan khu vực III thực hiện kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế và các chứng tử, tài liệu có liên quan của Công ty, trường hợp xác định hàng hóa tái xuất được xác định là hàng hóa đã nhập khẩu trước đây, chưa qua sử dụng, gia công, chế biến và là hàng hóa đã khai trên tờ khai thay đổi mục đích sử dụng, đáp ứng điều kiện quy định tại điểm c khoản 1, khoản 2 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung tại khoản 17 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021) và điểm a. 1 khoản 2 Điều 21 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 10 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC thì áp dụng chính sách thuế quy định tại điểm c khoản 1 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.

- Hồ sơ, thủ tục hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 73 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, Điều 22 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi khoản 17 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP), Điều 12 Thông tư 06/2021/TT-BTC.

- Trường hợp Công ty không đáp ứng các điều kiện hoàn thuế nêu trên thì Công ty không được hoàn thuế nhập khẩu theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung tại khoản 17 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP).

- Việc kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định tại Điều 77 Luật quản lý thuế 2019 được thực hiện trong thời hạn 1 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế. Trường hợp phát hiện hồ sơ đã hoàn thuế có dấu hiệu vi phạm, gian lận, không đủ điều kiện hoàn thuế thì cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế, xử lý vi phạm theo quy định.

Xem thêm tại Công Văn 17615/CHQ-NVTHQ ban hành ngày 05/8/2025.