Ngoài ra, mọi khoản tạm ứng vốn KBNN đều phải hoàn trả đúng hạn, đúng quy định; nếu không hoàn trả đúng, KBNN có quyền trích tồn quỹ ngân sách để thu hồi đủ số vốn đã tạm ứng, phí tạm ứng và phí tạm ứng quá hạn (nếu có).
Mức phí tạm ứng vốn KBNN được áp dụng thống nhất là 0,15%/tháng (30 ngày) tính trên số dư nợ tạm ứng. Mức phí tạm ứng quá hạn được tính bằng lãi suất cơ bản do NHNN công bố tại thời điểm tính phí tạm ứng quá hạn. Phí tạm ứng quá hạn được tính theo mức phí tạm ứng quá hạn và số ngày quá hạn.
Phí tạm ứng được thanh toán định kỳ hàng tháng cho KBNN và được tính trên số dư nợ tạm ứng và số ngày thực tế tạm ứng. Phí tạm ứng quá hạn được thanh toán khi thu hồi khoản tạm ứng quá hạn và được tính trên số dư nợ tạm ứng quá hạn và số ngày tạm ứng quá hạn.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 1/1/2013 và thay thế Thông tư 49/2005/TT-BTC.