Thủ tục công nhận doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên

Thủ tục công nhận doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên (Hình từ Internet)

Ngày 24/02/2026, Bộ Tài chính ban hành Quyết định 344/QĐ-BTC về việc công bố thủ tục hành chính được sửa đổi, bổ sung, bị bãi bỏ trong lĩnh vực hải quan thuộc phạm vi chức năng quản lý Nhà nước của Bộ Tài chính.

Thủ tục công nhận doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên

(1) Trình tự thực hiện:

Bước 1: Doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên.

Cơ quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên: Cục Hải quan

Bước 2: Cục Hải quan tiến hành thẩm định, xem xét về việc áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định.

- Thẩm định hồ sơ: Căn cứ hồ sơ của doanh nghiệp, cơ quan hải quan đánh giá, đổi chiều thông tin doanh nghiệp cung cấp, thông tin thu thập về doanh nghiệp với điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên quy định. Thời gian thẩm định không quá 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.

+ Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc việc thẩm định hồ sơ. Cục Hải quan ban hành văn bản trả lời doanh nghiệp, nêu rõ lý do không đáp ứng điều kiện.

+ Trường hợp doanh nghiệp đáp ứng điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo kết quả thẩm định hồ sơ, Cục Hải quan tổ chức thẩm định thực tế.

- Thẩm định thực tế:

Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan theo khoản 3 Điều 78 Luật Hải quan hoặc thẩm định thực tế tại trụ sở người khai hải quan. Thời gian thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định tại Điều 80 Luật Hải quan. Thời gian thẩm định thực tế không quá 10 (mười) ngày kể từ ngày làm việc đầu tiên tại trụ sở người khai hải quan.

Bước 3: Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc việc thẩm định thực tế hoặc kết thúc việc xử lý kết quả kiểm tra sau thông quan: Cục Hải quan ban hành quyết định công nhận doanh nghiệp áp dụng chế độ ưu tiên (trường hợp doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên) hoặc ban hành văn bản trả lời doanh nghiệp (trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên).

Trường hợp phức tạp, cần lấy ý kiến cơ quan chuyên môn thì thời hạn này có thể kéo dài nhưng không quá 30 ngày.

(2) Cách thức thực hiện:

- Doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên.

- Cơ quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên: Cục Hải quan.

(3) Thành phần, số lượng hồ sơ:

- Đối với doanh nghiệp theo khoản 1 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật số 90/2025/QH2015 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Đấu thầu, Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư, Luật Hải quan, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu, Luật Đầu tư công, Luật quản lý, sử dụng tài sản công, hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên gồm:

+ Văn bản đề nghị theo mẫu số 01a/VBDN ban hành kèm theo Thông tư 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính: 01 bản chỉnh;

+ Báo cáo tình hình, thống kê số liệu xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp trong 02 năm gần nhất: 01 bàn chỉnh;

+ Báo cáo chấp hành pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán trong 02 năm gần nhất: 01 bản chính:

+ Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong 02 năm gần nhất: 01 bản chụp;

+ Báo cáo kiểm toán trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp;

+ Bản kết luận thanh tra, kiểm tra trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp; 

+ Bản mô tả hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp (kèm tài liệu thuyết minh): 01 bản chụp, trong đó bao gồm:

++ Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống về: Lưu trữ hồ sơ, chứng từ, tài liệu, dữ liệu liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: Giảm sát nội bộ doanh nghiệp: Quản lý, phòng ngừa các bất thường xảy ra liên quan đến an ninh hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Khắc phục các sai sót, vi phạm của doanh nghiệp sau khi được các cơ quan nhà nước khuyến nghị hoặc kết luận; Kiểm soát khả năng tài chính để có thể hoàn thành các nghĩa vụ về thuế đối với các cơ quan quản lý nhà nước trong trường hợp được ưu tiên về thời hạn nộp thuế;

++ Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống đảm bảo về: An ninh hàng hóa; An ninh vận tải; An ninh tại khu vực làm việc của doanh nghiệp; Kiểm soát an ninh hệ thống công nghệ thông tin; An ninh nhân sự; An ninh đối tác thương mại;

+ Số lượng hồ sơ: 01 bộ

- Đối với doanh nghiệp theo khoản 2 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật số 90/2025/QH2015 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Đấu thầu, Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư, Luật Hải quan, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu, Luật Đầu tư công, Luật quản lý, sử dụng tài sản công, hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên gồm:

+ Văn bản đề nghị theo mẫu số 01a/VBĐN ban hành kèm theo Thông tư 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính: 01 bản chính;

+ Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp.

+ Báo cáo kiểm toán trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp.

+ Bản kết luận thanh tra, kiểm tra trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp.

+ Bản mô tả hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp kèm tài liệu thuyết minh: 01 bản chụp, trong đó bao gồm:

++ Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống về: Lưu trữ hồ sơ, chứng từ, tài liệu, dữ liệu liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Giám sát nội bộ doanh nghiệp: Quản lý, phòng ngừa các bất thường xảy ra liên quan đến an ninh hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Khắc phục các sai sót, vi phạm của doanh nghiệp sau khi được các cơ quan nhà nước khuyến nghị hoặc kết luận: Kiểm soát khả năng tài chính để có thể hoàn thành các nghĩa vụ về thuế đối với các cơ quan quản lý nhà nước trong trường hợp được ưu tiên về thời hạn nộp thuế;

++ Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống đảm bảo về: An ninh hàng hóa; An ninh vận tải; An ninh tại khu vực làm việc của doanh nghiệp; Kiểm soát an ninh hệ thống công nghệ thông tin, An ninh nhân sự; An ninh đối tác thương mại;

+ Công bố của Bộ Khoa học và Công nghệ về doanh nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật số 90/2025/QH2015 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Đấu thầu, Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư, Luật Hải quan, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu, Luật Đầu tư công, Luật quản lý, sử dụng tài sản công: 01 bản chụp:

+Số lượng hồ sơ: 01 bộ

- Dự án đầu tư trọng điểm được Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo trước khi cấp phép đầu tư đang trong giai đoạn xây dựng cơ bản, hồ sơ gồm: Văn bản đề nghị theo mẫu số 016/VBĐN ban hành kèm theo Thông tư 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính: 01 bản chính.

+ Số lượng hồ sơ: 01 bộ

Xem thêm tại Quyết định 344/QĐ-BTC có hiệu lực từ ngày 24/02/2026.